Um impasse em que ainda é aguardada solução em São Borja é sobre a fusão em definitivo do antigo Ministério da Pesca ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento. Devido à orientação do Governo Federal algumas atividades como a profissionalização de novos pescadores não estão sendo realizadas.
O presidente da Associação dos Pescadores, Idalêncio Silva Mello, diz que apenas atualizações de documentos dos profissionais já cadastrados continuam sendo desenvolvidas. Recentemente foi divulgado que a fusão momentânea entre os dois Ministérios resultou em uma economia de 287 milhões de reais.
Ao todo 2.976 certificados de embarcações foram renovados, o que representou uma redução de 75 por cento do que estava pendente.
