O ingresso dos estudantes é feito pelo aproveitamento da nota do Enem via Sisu. Os interessados acessam a página https://www12.unipampa.edu.br/sisu/ onde todas as instruções estão explicadas.
O campus São Borja tem seis cursos, Jornalismo, Publicidade e Propaganda, Serviço Social, Ciências Sociais – Ciência Política, Relações Públicas e Licenciatura em Ciências Humanas. Os três primeiros são diurnos e os demais noturnos. Cada curso oferece 50 vagas. São cinco opções de bacharelado e uma de licenciatura. Informações sobre os cursos na página https://www12.unipampa.edu.br/sisu/cursos/sao-borja/. Ao todo a Unipampa oferece 65 cursos em todo o Rio Grande do Sul.